En abril de 1986, el gobernador de la Provincia de São Paulo, por medio del decreto n° 24.961, toma providencias para la extinción de la Bolsa Oficial de Café, que ya había cesado parte de sus actividades en la década de 1960.

Todos los objetos muebles, empleados y el propio edificio pasan para la responsabilidad de la Secretaría de la Hacienda. Sin embargo, ocupado apenas parcialmente y sin las debidas condiciones para su preservación, el edificio pasó por un proceso de degradación, que resultó en la amenaza de caída de la torre en 1996. Fue formada una comisión para analizar la situación y fue constatado que los daños no se restringían a lo torre, siendo necesaria una intervención más amplia en el edificio.

Ver más fotos de Museo

La situación fue llevada al gobernador y, por el decreto n° 40.822, el 10 de mayo de 1996, fue instituido un grupo de trabajo, formado por órganos públicos y entidades privadas para estudiar la viabilidad de la creación de un Museo del Café en el edificio de la Bolsa Oficial de Café.

En primera instancia, y con carácter de emergencia, el grupo objetivó el “salvamento” de la torre de la Bolsa. El presidente de la Asociación Comercial de Santos, José Moreira da Silva, y el presidente de la Asociación Centro Vivo, Eduardo Carvalhaes Filho, enfatizaron la necesidad de la recuperación estructural del edificio por el Gobierno de la Provincia y la creación de un Museo del Café con el apoyo de la iniciativa privada.

La restauración fue aprobada y el proyecto escogido fue el de la Oficina R, del arquitecto Samuel Kruschin, iniciado en 1997. En el año siguiente, el 12 de marzo, fue creada la Asociación de los Amigos del Museo del Café Brasileño.

Inicialmente, el Museo apenas ofrecía visitación al área conocida como Salón del Pregón, recibiendo también exposiciones temporarias y eventos. En 1999, fue creado el Centro de Preparación del Café (CPC), con el apoyo técnico del Sindicato de la Industria del Café en la Provincia de São Paulo (Sindicafe). El CPC tuvo y aún tiene grande importancia para la formación de baristas y el reconocimiento de esa profesión.

Para la viabilidad económica del Museo y aportar para la divulgación del café brasileño a los visitantes, principalmente los cafés gourmets, fue inaugurada en el año siguiente la Cafetería del Museo.

Que ofrece cafés de diferentes regiones de Brasil, además de sofisticadas bebidas. Su implantación fue posible con dinero del Funcafe y apoyo del Sindicafe y Abic.Otro hito para el Museo fue el año de 2005, en que fue inaugurada la exposición de larga duración La trayectoria del café en Brasil. Montada con acervo propio del Museo, adquirido en una campaña para captación de acervo, y algunas piezas prestadas, ocupó parte del térreo y del primer piso del edificio.En 2008, la Asociación calificó como Organización Social de Cultura, firmando contrato con la Secretaría de Provincia de la Cultura de São Paulo. Esa transformación posibilitó un crecimiento al Museo del Café, ampliando su equipo técnico y sus actividades, consolidándose como referencia entre museos en la Provincia y en Brasil.